圖為1998年（民國87年）8月的玉里車站，站前兩旁日式木造商家，於同年10月初拆除。1944年（昭和19年）美軍對臺進行大轟炸，玉里驛前的兩排房子被燒夷彈燒毀如廢墟，玉里驛乃另關疏開鐵路保護火車頭。戰後1969年（民國58年）東線貨運機全面柴油化，機關庫於1988年（民國77年）全面拆除。2016年（民國105年）配合「花東新車站運動」計畫進行車站改造工程，原警務段辦公室移設、原自行車補給站拆除新建、原廁所移至站體南端、站前平台及廣場整修、原有站務空間整修、二樓空間增設宿舍空間，並增設遊客中心空間。玉里站最早預定的站名為璞石閣，1917年（大正6年）9月22日，此地地名改為「玉里」，同年11月1日正式設站時也隨之改為玉里驛，同日起瑞穗（舊名：水尾）至玉里間鐵路亦通車 。