干城站前身為初音停車場（Hatsune），設立於1916年（大正5年）11月1日。戰後，於1947年（民國36年）10月6日更名為初英。1960年代（民國50年代），配合當地地名改稱南華。由於乘車人數不多，交通部臺灣鐵路管理局遂決定於1994年（民國83年）4月1日裁撤該站。今日所見的水泥站體則修建於東拓時期，應於1980年（民國69年）竣工。該空間曾先後由花蓮工務段南華道班與吉安鄉公所進駐使用。鄉公所曾在此設置遊客服務中心，臺鐵亦曾將空間提供給鄰近的干城與南華社區做為展示場地。干城站裁撤前屬三等站，僅有一座島式月臺。