吉安站原名吉野驛，設於1914年（大正3年）1月29日。戰後，吉野鄉改為吉安鄉，車站亦改為吉安站。1971年（民國60年）6月1日，由三等站降為簡易站。1978年（民國67年）7月1日臺東線鐵路拓寬工程施作，臺灣鐵路管理局決定將吉安與田埔兩站合併，並於吉安舊站北邊1.3公里處設立吉安新站。1980年（民國69年）2月1日，吉安新站啟用，並升等為三等站。同日，舊站裁撤。惟舊站之站房設施直至1985年（民國74年）才拆除。日後，因花東線鐵路瓶頸路段雙軌化暨全線電氣化計畫施作，以及因應觀光需求，吉安站在「花東鐵路效能提升計畫」下進行站房翻修。但因過程不順，目前僅完成臨時站體的改建。未來擬設計為高架化車站。吉安站現仍屬三等站，有島式月臺、岸式月臺各一座。