明天啟4年荷人在明軍壓迫下，撤離澎湖，入據大員並以此為基地，從事轉販貿易。打狗則遲至荷人據臺末期，約永曆14年前後便有華人在此農耕。另一方面打狗因屬於華南重要魚場，尤富名貴的烏魚，至崇禎16年左右，打狗已有國人暫住性的漁寮。
鄭成功於永曆15年派兵包圍熱蘭遮城時，即開始規劃臺灣地方行政組織，驅荷復臺後隨即開府設縣，將臺灣納入中國地方郡縣體系，打狗轄於萬年縣，而萬年縣的衙署當應設於二贊行（臺南縣仁德鄉二行村），而非左營附近的興隆里。在率軍入臺之初，鄭成功為開國立業，即實施軍屯，以為足食足兵。因荷蘭海軍特遣隊兩次來襲與施琅用兵臺灣皆將打狗視為重要目標，又安平與打狗兩地附近的軍屯各有16個，顯見其軍事地位的重要性。
隨著軍屯的實施其周圍地區也逐漸形成聚落，如後勁庄、鳳山庄等；漁民的陸續遷入，至遲在永曆27年，已有旗後庄的形成。至此對臺灣的開發已逐漸由今臺南擴展至打狗。
