早期先民來到臺灣時，因過程經歷許多艱難與危險，所以大多都會攜帶原鄉守護神的香火在身上，祈求神明護佑能夠平安渡過險惡的黑水溝；清水祖師的信仰，就是福建安溪籍一帶的先人，早年渡海來臺時所一併帶來的原鄉之神。

開漳聖王、清水祖師、廣澤尊王……等等原鄉守護神的信仰來到臺灣後，其功能可以說是複合式的，舉凡農業（保佑四時無災、風調雨順）、戰事（與其他族群或原住民的械鬥、征戰）、醫療（疾病、健康）等，可以說是無所不包。

1884年（清光緒10年），中法戰爭爆發，相傳駐臺之軍民奉請清水祖師至戰場，庇佑戰事能夠順利進行，清水祖師也的確在這場戰役中顯靈助戰，使得清軍大勝法軍。光緒皇帝知道消息之後，有感於清水祖師於中法戰爭中顯靈助戰以及在淡水當地顯靈協助抵禦瘟疫災情等神蹟，於是親自書寫「功資拯濟」四個字，讓御匾懸掛在清水祖師的廟中，用以彰顯祂的赫赫神威。