1902年（明治35年），日本殖民政府治台之初，大溪當地仕紳江序益先生與王天恭、李才旺二人，獲知在竹東沙平地方崇祀三聖恩主（關聖帝君、孚佑先祖、九天司命），神靈顯赫，於是前往求其分靈回到大溪，奉祀於江序抱先生家宅。其後開設「鸞堂」，隆重開壇降筆，為民眾解疑難勸善渡厄。
百年前之台灣，醫藥發展遠不及今日發達，民眾罹患疾病時，廟中的藥籤就是當時醫療資源的選項之一。
從大溪普濟堂的藥籤櫃中可以清楚的看到，廟中的藥籤簡單的分為男、女二科，每科各一百首。而大溪普濟堂的藥籤很特別的一點，就是幾乎每支藥籤除了籤紙上所寫的藥材和藥方之外，還需要搭配爐丹（廟裡香爐中的香灰）一起煎煮，才能獲得神力的加持，使陳年痼疾得以痊癒。但在醫藥資源發達的今日，求取藥籤的民眾也已經日益稀少，從廟方將藥籤櫃擺放在偏殿的角落這個舉動，就能夠看出大溪普濟堂藥籤的興衰與起落。
