我們對於藥籤的認識，往往在於藥籤有著許多不一樣的科別：如男科、女科（婦科）、小兒科（幼科）、外科（皮膚科）、眼科……等，不同科別的籤詩上，會有著相對應的不同藥方，只要擲出三個聖筊，經神明許可取得藥籤後，前去中藥房依照藥方內所需要的藥材抓藥即可。

但是，從宗教醫療的角度來進一步觀察，可以發現到慈生宮藥籤櫃內的各科藥籤，並非全然都是指示前來求取藥籤的信眾服藥。

十分特別的是，有的藥籤上是告訴信眾，應該多做好事，累積個人的福報與陰德，這樣才能使自己所患的疾病獲得痊癒；有的則是因為沖犯到城隍神或是灶神，進而導致神明降下疾病來示警，所以應該先前往祭祀城隍神或灶神，求得祂們的原諒；而有的更直接在藥籤中提供一則符籙的範例，並告訴求得此籤的信眾，自己準備硃砂以及黃紙，照著範例自行書寫符籙，然後配戴在身上，就可以讓久久不癒的疾病逐漸遠離。