在早期醫療環境不發達的年代裡，埔里「醒靈寺」既扮演著為民眾戒除鴉片煙癮的輔導者角色，也透過「扶鸞開藥」，替信眾醫治各種疑難雜症。

醒靈寺的藥方經過神明降鸞指示後，會用毛筆書寫在金紙上，一張藥方裡，會區分為君藥（傳統中藥）以及臣藥（青草藥）。有鑑於以往民眾生活條件比較差，真正有經濟能力去中藥舖抓藥的人仍屬有限，所以神明會特別將神力加持在金紙上，民眾只要自行採集青草藥，再直接將金紙燒化加入中草藥中一起煎煮，就代表其他沒有辦法備妥的中藥藥效已經進去藥湯裡了，然後再在藥湯內在加入「草丹」和神明開立的「靈符」，服用後就能達到治療疾病的功效。

值得一提的是，醒靈寺內的藥籤，也是將君、臣藥書寫在金紙上，供信眾向神明求取；有別於其它有藥籤的廟宇，通常都用列印出來的籤紙，醒靈寺的藥籤別具有一種古色古香的懷舊感。