早期先民渡海來到臺灣的過程中，常會經歷許多艱難與危險，所以先民們多會攜帶原鄉守護神（如開漳聖王、清水祖師、廣澤尊王……等）的香火在身，祈求神明護佑平安抵達；而「清水祖師」的信仰，大多為福建安溪籍的先人，早年渡海來臺時一併帶來的。

這些原鄉守護神的信仰來到臺灣後，其功能是複合式的，舉凡農業（保祐四時無災、風調雨順）、戰事（與其他族群或原住民的械鬥、征戰）、醫療（疾病、健康）等，可說是無所不包。

根據真理大學張家麟教授的研究，在1897年（明治三十年），淡水地區爆發了鼠疫大流行，就連當時的日本政府對於疫情的擴散也是束手無策；於是淡水當地的仕紳，就集體前往清水巖，迎請清水祖師在淡水街、庄仔內及水碓等三庄驅逐瘟疫，沒想到鼠疫的疫情果然慢慢平息下來；在這之後這項活動就逐漸被流傳下來，並且延伸為將迎請清水祖師巡境的範圍，從最早的三庄，擴大到淡水的東、南、西、北四個方位，進而守護整個淡水。