士林「神農宮」,最早被稱為「芝蘭廟」,其緣由可上溯至1709年(清康熙48年)下樹林埔的「福德祠」。當時,士林本地幾乎都還是一片片的農田,當地先民不免俗地在田地附近的土地,祭祀與土地最有相關的神祇─「福德正神」。1741年(清乾隆6年),福德祠因為被大水沖毀,先民們於是將廟址遷建至「芝蘭街」(即現址),「芝蘭廟」的名稱由此而來。
在1803年(清嘉慶8年)時,當時任職淡水廳同知的「胡應魁」到此巡視時,看到廟宇外觀建有「燕尾翹脊」,認為以土地神的神格,用這樣的建築實在是有違禮制,與地方人士商議過後,改奉祀同為守護農業的「神農大帝」為主祀神。
士林神農宮歷經清乾隆、嘉慶、道光到光緒朝,以及日治昭和時期再到民國,都陸續有重修及擴建的紀錄。可見當地居民對於神農大帝護祐地方農、醫相關事務的靈驗,使民眾感念在心,才會在這麼長時間的歲月裡,世世代代仍繼續保持對祂的無限崇敬。
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