士林「神農宮」，最早被稱為「芝蘭廟」，其緣由可上溯至1709年（清康熙48年）下樹林埔的「福德祠」。當時，士林本地幾乎都還是一片片的農田，當地先民不免俗地在田地附近的土地，祭祀與土地最有相關的神祇─「福德正神」。1741年（清乾隆6年），福德祠因為被大水沖毀，先民們於是將廟址遷建至「芝蘭街」（即現址），「芝蘭廟」的名稱由此而來。

在1803年（清嘉慶8年）時，當時任職淡水廳同知的「胡應魁」到此巡視時，看到廟宇外觀建有「燕尾翹脊」，認為以土地神的神格，用這樣的建築實在是有違禮制，與地方人士商議過後，改奉祀同為守護農業的「神農大帝」為主祀神。

士林神農宮歷經清乾隆、嘉慶、道光到光緒朝，以及日治昭和時期再到民國，都陸續有重修及擴建的紀錄。可見當地居民對於神農大帝護祐地方農、醫相關事務的靈驗，使民眾感念在心，才會在這麼長時間的歲月裡，世世代代仍繼續保持對祂的無限崇敬。