埔里「育化堂孔子廟」，最早是由當地的先民，林有定、王國財、李心田、許爐、童阿里、徐霜等人，為了祭祀武聖（關聖帝君）所倡議創建，建廟的土地源自於王國財家中的農地，算是由他捐獻出來蓋廟，礙於財力與物力，當時只能搭建簡易的茅廬；另外則由林有定前往大墩市（臺中），奉請關聖帝君的塑像與香爐，回到埔里來接受信眾的供奉，並且經眾人和議，為這草創的草堂起名為「修化堂」。

到了1926年（大正15年），信眾們為了提振地方文風，達到文武兼備，希望奉祀武聖關聖帝君之外，也能興建「文廟」。於是，在召集地方鄉紳和賢達人士討論後，共同集資並建設了文廟—孔子廟，用以祭祀至聖先師「孔子」。至此，地方仕紳文武兼祀的構想大致完備，此後又陸續擴建左右廊廡等處，遂有今日莊嚴的廟貌。

現任董事長黃冠雲先生回憶，早年埔里對外交通不便，醫療環境不發達，埔里的許多鸞堂與廟宇，都自然而然地承接起「神人共事」的輔助醫療角色。育化堂在早期也透過「扶鸞」或其他儀式，請神明針對信眾的各種疾病或訴願，直接開立藥方，替信眾治病。隨著政府相關醫療法令的完備，以及埔里的醫療資源也越趨進步，育化堂扶鸞開藥的作法已日漸稀少，到今日幾乎已不復可見，但這一段珍貴的神人共事的歷史，卻值得永久的紀念。