埔里「醒靈寺」創建於1901年（明治34年）。據說，當時第一代創建者林李金水的母親，因為染上吸鴉片的習慣，久久無法脫離，於是林家就設置香案，向天禱告，祈求神明幫助她戒除煙癮；在誠心祈求之後，果然獲得三聖恩主（關聖帝君、孚佑帝君、司命真君）的協助，讓母親順利擺脫了鴉片煙的糾纏，於是便在自家中供奉三聖恩主。此後，因為三聖恩主的靈驗事蹟越來越多，信眾也日益增加，林李金水有感於空間不足，就出資建造了一間新的堂宇，名為「改化堂」。

1916年（大正5年）地震，廟宇受到了嚴重的損壞，經過重建後，改名為「醒化堂」；1949年（民國38年），於現在的廟址再次增建正殿，並且再次更名為「醒靈寺」，呈現如今的寺貌。

正緣於醒靈寺最早創建的緣起，是為了戒除林李金水母親所患鴉片煙癮的毒害，所以創設廟宇後，醒靈寺一直持續協助吸食鴉片者進行戒除煙癮的工作，希望透過宗教信仰的力量，讓曾經迷失的人們找回自己。隨著時代的推移，在臺灣吸食鴉片者逐漸消失，醒靈寺昔日透過鸞堂協助戒煙的歷史，也成為一段珍貴的歷史記憶。