1679年（南明永曆33年），當時的明鄭軍隊裡，籍貫屬於泉州同安的將士，在臺南「大觀音亭」旁建立興濟宮，奉祀他們原鄉的守護神─「保生大帝」。1874年（清同治13年）後，因為很多駐臺官兵感染疫病，染病的官兵向興濟宮保生大帝祈求保佑，都順利地痊癒。於是上報朝廷，由朝廷下令將興濟宮列入祀典，使興濟宮成為臺灣唯一有列入官方祀典春秋二祭的保生大帝廟。

在興濟宮求取藥籤的程序相當特別，求籤者在焚香向保生大帝稟告後，需將線香擺放在手腕脈搏處，請神明「把脈」，等到香灰掉落一次後，再去抽籤擲筊請示。而且回家煎藥時得在正廳面朝外煎藥，並焚香祈求保生大帝到來，之後將香插在煎藥的烘爐上。

興濟宮的藥籤內容十分獨特，其中還有用「米油」加入「牛奶糊」，再配上熱熱的酒一起溫服的方子；所謂的「米油」，就是煮米粥時，浮於上層的濃稠液體，能補充營養；而牛奶糊，就是濃稠的牛奶；「米油」加「牛奶糊」，就是所謂的「牛乳米章（米＋章）」（又稱牛乳糡）。另外一個特色是會在籤紙與藥籤櫃旁，對有毒的藥材會標註警語，提醒信眾注意用藥安全。