相傳距今約三百多年前（清朝順治年間），由福建莆田九牧林氏的第六房子孫（南靖派下子孫）移民來臺灣的時候，奉請家中祭祀的天上聖母一起來臺，所以又被後來的人們稱為「六房天上聖母」。

林氏子孫來臺抵達雲林定居後，因為子孫繁衍遷徙，由散居在雲林五個鄉鎮的林氏兄弟輪流祭祀，形成了由：斗南、土庫、五間厝、大北勢及過溪五股，每年輪流奉請「六房天上聖母」前往奉祀的現況。

「六房天上聖母藥籤」，為每年輪值爐主交接時，需要詳細點交之重要文物；其來源雖已不可考，但直到今日仍有許多人前往求取，共有男科及婦科各一百首。特別的是，藥籤的使用除了籤詩上所載明的藥方外，還需要使用「藥引」的配合，其藥引有：平安符、爐丹、藥珠、龍炮（炮灰）、符令、座金（墊在神像下面的金紙）等，依照病情的輕重，給予一至多樣的藥引結合使用；最嚴重的狀況，還需要剪下一小截媽祖神像身上的龍袍來當作藥引，用以協助身患緊急病況的信眾。