「淡水三芝九庄輪祀保生大帝」的特色之一，在於「有神無廟」的「輪祀」傳統。

由淡水、三芝地區淡水街、忠田寮、水梘頭、北新莊、草埔尾、土地公埔、埔頭、灰磘子、林子街（圭柔山）九個庄頭的居民，擲筊決定值年的「爐主」，一年一個庄頭，輪流奉祀保生大帝。每年農曆3月17日安爐大典後，保生大帝就奉祀在新的爐主家裡，每月初二、十六，九庄的居民就會聚在這裡敬拜。

對聯與匾額不僅是語文造詣或書法藝術的表現，也是漢人建築文化重要的特色之一，經常被用來表達眾人對於這個空間的期許。在廟宇中，對聯經常傳達主祀神明的神格特點，或提醒大眾必須明瞭的道理。於2019年（民國108年）國曆4月21日安爐的爐主厝，門外上方橫批的聯語是「淡水三芝 保生大帝 九庄輪祀」，門外上聯是「保庄護眾志業大」、下聯是「生民誠敬感恩帝」，頭、尾字正好構成「保生大帝」四字，表達庄民至誠敬拜，感恩神明護佑大眾。透過這幅對聯的張貼，原本的民居成為預備廣納眾人的公共空間。