「淡水三芝九庄輪祀保生大帝」的特色之一，在於「有神無廟」的「輪祀」傳統。

由淡水、三芝地區淡水街、忠田寮、水梘頭、北新莊、草埔尾、土地公埔、埔頭、灰磘子、林子街（圭柔山）九個庄頭的居民，來擲筊決定值年的「爐主」，一年一個庄頭，輪流奉祀保生大帝。每年農曆3月17日安爐大典後，保生大帝就奉祀在新的爐主家裡，每月初二、十六，九庄的居民就會聚在爐主家中敬拜。由於淡水三芝九庄輪祀保生大帝並沒有在固定的廟宇內，因此，一般宮廟常見的柱聯、匾額、彩繪、雕塑等，就不見得在當年輪值的爐主家出現。

一般廟宇神龕的神像後方，有龍、麒麟等瑞獸的彩繪，以烘托神尊的威儀。於2019年（民國108年）國曆4月21日安爐的爐主厝，廳堂已做了彩繪，使原來的家宅成為大眾敬神的場所。