北投慈生宮主祀「五谷先帝」（神農氏），當地民眾都習慣稱為「先帝廟」。始建於1669年（南明永曆23年），最初的廟址是在附近的「吉利公園」內。因早期先民生活條件較困苦，故先帝廟最初的建築僅僅只是一座簡陋的草寮，連磚砌、木造之類的結構都沒有；其後因遭逢水患，草寮被大水沖毀，當地先民在1882年（清光緒8年）遷徙於現址。礙於經濟條件，初期重建過後的先帝廟，規模僅為現在廟中中殿（奉祀五谷先帝之主殿）的大小而已。

從先帝廟立基在此三百餘年的歷史來看，唭哩岸地區當為北臺灣最早的農業發展地區之一。現存於慈生宮廟埕左壁，由臺北市文獻委員會於1975年（民國64年）所樹立的碑記亦足以證明這點。

目前廟中還保留著婦、男、幼、外、眼五科藥籤，共453首。藥籤的來源取自於《呂祖博濟仙方》，相傳由孚佑帝君降鸞於粵東城西蘊善壇，在民國6年的時候刊行，輾轉傳到臺灣。