「淡水三芝九庄輪祀保生大帝」的特色之一，在於「有神無廟」的「輪祀」傳統。

最初，淡水三芝輪祀保生大帝的區域，只有北新庄、草埔尾、土地公埔、小基隆、灰窯子、圭柔山、淡水街、水梘頭等八庄，1891年（清光緒17年）因「燕樓李家」有李貽電、李宗炳、李宗聘等人中舉，人才輩出，因此在向保生大帝擲筊請示、獲得應允之後，增加中田寮庄。從此，輪祀範圍擴及九庄，沿襲至今。

每年保生大帝的神像與相關文物，供奉在其中一庄的值年爐主家裡，每天由爐主親自上香、清點擦拭與保管，每個月初二、十六有敬拜儀式，信徒可以到爐主家中上香、敬拜。到了每年農曆3月15日前後，神像與文物移至庄頭公共區域搭建的臨時祭祀場所中，供大眾祭拜，然後遷移到下一個庄頭值年爐主的家裡。各庄擔任值年爐主者，籍貫必須在九庄之中且居住於此地，然後在有意競逐者中，以擲筊方式決定中選的爐主是誰。所以，淡水三芝九庄輪祀保生大帝迄今沒有興築相關廟宇，信徒不是到固定的宮廟參拜。