根據〈基督教會堂設立許可報告（新竹廳）〉，南庄長老教會創立於明治42年（1909）10月18日，第一任傳道師為葉作乾，當時租用民宅作為禮拜所，其日治時期的地址是竹南一堡南庄土名南庄81番地，即今（2020）苗栗縣南庄鄉中山路上的民宅，現今（2020）教會已搬遷至苗栗縣南庄鄉東村南庄2號。事實上，南庄教會初期借用民宅充作禮拜所，亦紀載於《北部客宣百週年感恩禮拜紀念冊》一書中，明治41年（1908）有苗栗教會信徒林有能和呂興良二人到南庄開西醫，當時南庄尚未有教會，於是便在林有能家中聚會，隔年，向長老教會提出申請，邀請葉作乾傳道師至南庄講義所傳道。