日治時期的三棧派出所位於三棧橋的北側。日治初期，由於日人未能挺進北埔以北的太魯閣族活動區域，在與太魯閣族通事李阿隆的交涉下漸能與外太魯閣的各部落進行貿易、甚至賀田組進入開採樟腦。而後因與金錢上與道德上的糾紛，造成後續發生的新城事件、威里事件等等，外太魯閣地區的太魯閣族進而遭日人以軍艦從外海砲擊，再加上徵用阿美族人「以蕃制蕃」使外太魯閣的部落歸順。相較於大正3年（1914）所爆發的太魯閣戰爭後，歸順的內太魯閣各蕃社，外太魯閣降於日方較早，也因此在三棧設立派出所而非駐在所。戰後持續沿用三棧派出所，但於民國90年（2001）發生槍擊事件後關閉。