日治時期東臺灣共三處設有機關庫，分別位於花蓮港、玉里、臺東。花蓮港機關庫位在當時鐵道出張所的西北方，負責機關車的整備、維修、調度相關事務，機關庫內設有打鐵間、加水塔、機關車維修庫、油庫、運轉室、轉車台、儲煤槽、檢修值班室等等，從照片中可以看見當時的機關車維修庫及左方的加水塔。戰後花蓮港機關庫改稱為「花蓮機務段」，民國68年（1979）花蓮機務段遷至今花蓮火車站北方的豐川直到今日，民國71年（1982）完成東線鐵路拓寬，機務段正式將全部的行政機構遷入現址。日治時期機關庫的相關廠舍都已遭拆除，目前僅剩位於花蓮市福町路與成功街口（原炒天下餐廳）庭院內，有著一座舊式蒸汽加水塔。