奇萊醫院設立於大正3年（1914），隸屬於廳警務課，為當時負責法定傳染病的特殊醫院，當時臺灣流行的傳染病有鼠疫、霍亂、天花和瘧疾等。後來，奇萊醫院因原本的建築物腐朽以及位置不適，花費了3萬5000圓遷移改建。戰後，民國36年（1947）奇萊醫院與花蓮港保健所、花蓮港婦人病院遭裁撤，奇萊醫院原址則作花蓮縣衛生局舊址使用。花蓮縣衛生局最初由花蓮港廳所屬衛生行政機構改組為「民政科衛生股」，後於民國36年（1947）成立「花蓮縣衛生醫院」，民國45年（1956）成立「花蓮縣結核病防治所」，民國50年（1961）改組為「花蓮縣衛生局」，之後衛生局遷址，此地現在為信義國小，日治時期奇萊醫院的建築已不存在。