日治時期的花蓮港分屯大隊位於今日花蓮市區的憲兵指揮部花蓮憲兵隊。臺灣總督府接管臺灣後，為了鎮壓原住民，於花蓮港派遣約兩個步兵中隊屯駐，明治39年（1906）發生威里事件、馬里巴西事件、知亞干事件，因此臺灣步兵第二聯隊下之第三大隊在同年10月1日於花蓮駐紮，之後將原有的步兵中隊分別分派至璞石閣（玉里）、卑南（臺東）以安定民心。花蓮港分屯大隊是日治時期花蓮港廳最高的軍事單位，於米崙山東麓興建約五萬坪的兵營，曾參與七腳川事件、太魯閣戰爭與霧社事件的討伐。花蓮港分屯大隊成立後歷經多次變遷，二戰期間成為戰俘收容所，戰後陸續由陸軍兵學校、陸軍化學兵學校、臺東司管區、花蓮守備旅、憲兵指揮部花蓮憲兵隊接管使用。