崇基書院創建於1893年（光緒19年），位置在「獅球嶺腳庄」。1895年（光绪21年）3月落成，才舉辦一次月課，即遭逢日本侵臺，5月日軍進駐，隨即被廢除，改設陸軍衛戌病院，是臺灣書院中最晚興建，卻是最早被廢除的官設書院。崇基書院被日軍撤除時，舉人江呈輝指示其門生許梓桑將大成至聖先師孔子，太上感應老君與創字先師倉頡夫子這三座神位移至慶安宮寄祀，是崇基書院唯一留下的文物。

這三座神位安奉在崇基書院時，照理說應該是「至聖先師孔子神位置中，右側太上老君，左側創字先師倉頡夫子」；1895年（光緒21年）寄祀慶安宮正殿龍邊時，依道教體制改為太上老君置中，右側至聖先師，左側倉頡夫子。2011年（民國100年）慶安宮增建行政大樓落成，將三夫子神位移奉行政大樓五樓文物館，並設「崇基書院學習中心」，以傳承崇基書院的教化精神。

1945年（民國34年）台灣光復後，基隆市政府曾將遺址所在地命名為「書院里」，可惜因行政區域一再變更，遺址已劃歸光華里，以致於在書院里找不到崇基書院，當初命名紀念的本意完全落空。建議基隆市文化局在崇基書院遺址建碑，說明書院興廢始末，以喚起市民對教育的關心。