大埔里地區（埔里鎮、魚池鄉、仁愛鄉及國姓鄉）地處偏遠，幅員廣闊，區內卻只有埔里榮民醫院及埔里基督教醫院兩家較大型的醫療院所。

921地震造成斷訊、斷電，位居埔霧公路旁的埔里榮民醫院，新建醫療大樓及行政大樓天花板、各種管線、磚塊掉落，水花四濺。在驚懼中值班人員冒著危險背著、扛著、用床單抬著將400多位、大多是7、80歲高齡的住院長輩，疏散到戶外安全的地方。另一方面，摸黑進入地下室，搬出大量的藥品及衛材，這些珍貴的醫療物品還適時支援埔基在第一時間的醫療救援。

地震約過了半個鐘頭，傷患陸續被送到埔榮。在震災黃金6小時內共有321位傷患被送到埔榮，急診室前的廣場，救護車打開車燈充當照明，醫護人員進行緊急救護。當時擔任急診外科主任的鐘侑庭表示，有31位是到醫院前就已死亡，罹難者大多全身沾滿砂石，呼吸道阻塞，但無明顯外傷。而經急救後死亡者有10位，死因主要為出血性休克、張力性氣胸及頭部創傷。

地震第2天，埔榮成立醫療服務隊，在埔里中興大學實驗林、埔里國小、埔里高中及育英國小等地設立醫療站，震後一個月共診治災民22,262人次。