圖為文山包種茶主要製造過程由新鮮茶菁到沖泡後茶葉的徒手切片之顯微觀察照片。

文山包種茶的製程包括日光萎凋、室內萎凋、攪拌、浪菁、揉捻及乾燥，每一步驟都會使葉片產生形態、物理及化學變化。新鮮的茶菁經日光萎凋收陽光之光與熱之刺激，之後通過室內萎凋與攪拌使茶葉進行輕度發酵流程，炒菁使茶葉酵素失活，以穩定茶葉品質，揉捻的目的則為整形與破壞茶葉細胞使茶葉利於沖泡，最終乾燥使茶葉水分含量低於5％，避免微生物生長以利保存。

製程中的茶葉微觀變化圖之製作，是利用茶葉製程的步驟作為取樣點，取樣之後將樣品以徒手切片之方式獲得極薄之樣品，再利用光學顯微鏡觀察及拍攝，以製得文山包種茶製程切片變化，圖中可見炒菁前葉片細胞變化不大，炒菁後之細胞內物質聚集之現象，及揉捻後細胞物質擴散之狀態，而乾燥後復水使水分充盈於茶葉細胞之中，使茶葉中成分擴散於熱水中，即成為平時飲用之茶湯。