愛知縣人。曾入選第一至第四回臺展（1927-1930）西洋畫部，畫作簽名為「Iso. Yamamoto」加上創作時間或無簽名。 1896年山本磯一出生於日本愛知縣，1915年自愛知縣立第四中學校畢業後，隔年渡臺就讀臺灣總督府國語學校公學師範部甲科，1917年畢業，任桃園廳石崗仔公學校（今新竹石光國小）教諭。1920年赴東京美術學校圖畫師範科就讀，與之後任嘉義高等女學校教諭的瀧久吉為同學，長山本一學年的則有後任高雄中學校教諭的山田新吉。1923年，山本磯一畢業後向白濱徵教授提出再次赴臺意願，任臺南師範學校（今臺南大學）教諭，自1923年至1945年終戰，共於臺南師範任職22年。1927年起，擔任同校的舍監。任教期間，曾於1931年回到母校東京美術學校參加夏季講習會。日籍畫家甲斐文二、臺籍畫家汪乃文、何文杞、高均鑑、黃叔鄹皆曾受教於山本磯一。 美術創作方面，1926年與山田新吉、原進、陣內貞義、川村伊作、高橋清、田中卓爾等七人創立美術團體「みんなみ社」，並舉辦展覽會。1927年第一回臺展，因山本磯一符合中等學校圖畫科教師身分，以「無鑑查」身分出品〈女〉、〈家〉兩幅作品。並自第一回起連續四年於臺展出品。而後也曾投入於蝕刻版畫（エッチング）的創作，1933年在自宅舉辦「臺南蝕刻版畫講習會（台南エッチング講習会）」，參加者有山路曠、後藤正治、西山員夫、許錦林、許丙丁、陳贊昆、大友治、趙雅祐等人。作品可見於雜誌《エッチング》中。除此之外，山本磯一亦為日本蝕刻版畫作家協會（日本エッチング作家協会）創立會員（準會員），作品於日本エッチング展覽會展出。 1940年代，由於戰爭之故，臺灣時代的作品一件也沒有留存，長女和子也因受到爆擊而逝世。1946年，山本磯一被遣返回故鄉愛知縣，此時山本磯一正值五十歲，因此將自己取了雅號「五十一」，開始了戰後的生活。但嚴峻的生活不允許其繼續作畫，也過度疲勞進入療養院中。而山本磯一戰後作品大多只是即興的小品，逝世之前，將作品剪貼成《山本五十一……画楽多集》贈予昔日的學生，後於 1962年逝世，享壽67歲。