1999年3月7日，尚在籌備成立階段的社區大學全國促進會，與教育部、新竹市政府、時報文教基金會等單位合作舉辦「落實高教於地方：迎接社區大學的新時代」研討會，希望聚集民間教改人士、社運人士與相關首長共同討論「如何落實一種扎根於社區／地方的高等教育？」自此，每年舉辦一次「全國研討會」便成為社區大學界的傳統，該研討會至今已辦理二十屆。

第三屆社區大學全國研討會主題為『社區大學從普及到深化』，在民國88-90年間社區大學成長速度之快，說明了台灣社會對於社區大學的殷望，下一步便是如何進行深化，是本研討會中的重點——『民間參與』。

其中由謝英俊建築師（日月潭、邵族重建工作隊成員），探討社區重建是否能成為社會運動的契機，當時因921地震帶給台灣非常關鍵性的瓶頸，需要各方互助與重建，分別討論了『社區大學與災後重建』、『社區大學與原住民運動』、『社區大學與台灣農村』、『社區大學與勞工運動』、『社區大學與非營利組織』、『傳統宗教參與社區教育』等主題。社區大學倡導培養現代公民教育、推動社區營造工作，在此時也成為各種議題下的重要夥伴。