第一屆全國河川NGO會議在台南社區大學舉辦。該會議共延續九屆，直到2011年。各地社大一直是組織這項會議的重要行動者。藉由多元的對話與交流，由民間與官方的攜手合作，共創臺灣河川保育新願景。

全國河川NGO會議宗旨：回顧千禧年後將近十年以來，由於全球性氣候異常，導致世界各地水患問題日趨嚴重，地質年輕、形勢陡峭的台灣，山河更形支離破碎。在水資源有限的狀況下，如何改善水質水量、合理運用水資源，以期達到經濟發展的目標，將是主政者未來極大的挑戰，也是全民必須共同面對的課題。

在全國河川NGO會議中，治水議題讓北、中、南的環保團體與社區大學有了進一步的連結。其中，美濃愛鄉協進會透過地理資訊系統（GIS）所展示的美濃溪流域治水方案，讓與會者在面對複雜的治水議題時看到了曙光。