2006年1月，教育部發布《教育部評鑑直轄市縣（市）政府辦理社區大學業務實施計畫》，開始對縣市政府實施其辦理社大業務的評鑑，評鑑項目包含「設置規劃及推動成效」、「課程及教學督導」、「評鑑規劃及實施」等，許多地方政府因而明文制定各種設置社大的行政規章，並在評鑑中增列許多指標檢核社大的辦學。

該評鑑雖立意良好，卻在無形中對部分社大的教育現場造成了不切實際的干擾，如一味要求社大提高課程通過非正規教育認證的比例、要求社大設置校務志工隊（反而抹煞了社大組織其他形式的社群來完成學校活動的多樣可能性）等。近年來，陸續發生某些縣市政府以行政程序對社大進行政治干預的案例，該評鑑也不一定能反映出實際的狀況。