清光緒十三年（一八八七年）開始修築媽宮城。翌年即展開修築澎湖要塞據點，前後共新建金龜頭、天南砲台等，加強裝安裝新式砲座，計有拱北，媽宮城東角砲台，漁翁島南端東砲台，西砲台等。光緒二十年（一八九四年）爆發朝鮮東學黨之亂，引起清日甲午戰爭之際，澎湖軍總兵周振邦在戰況危急之刻，增兵達十三營三哨，及保護糧食百餘人，分派駐離島達二營之多。日軍抵達澎湖之後攻擊清軍軍事要塞，清兵卻無力反擊。