自2016年木柵公園更新工程完工後，萃湖棲地的情況由於生態重新分配，部份植物大量生長，如水藻（金魚藻、水王孫及水蘊草）、大安水蓑衣，所以需要人力介入抑制族群數量，其他如風箱樹、水蕨等族群數少的植物則利用插阡法增加數量。此外，如小花蔓澤蘭、黃金葛、福壽螺、泰國線鱧等強勢生物則仍持續移除中。

雖然持續進行萃湖棲地維護，部份植物擴散的速度較快，為使各植物群落的生長能夠平衡，進行抑制。並移纏繞在樹上的外來種如：小花蔓澤蘭、黃金葛、合果芋、黛粉葉、萬年青；水中的大安水簑衣、睡蓮、水王孫及金魚藻。近期急迫處理的為水中的藻類，因繁衍過快，造成強勢魚種移除不易，並大量增長，對水質及環境造成影響。雖進行多次移除活動，但成效不彰。目前將試行把藻類移除至沒有和水相連的土岸邊，將藻類曬乾。以期數量能夠抑制。