沈祖祠供奉沈家先祖唐代名將武德侯沈彪，為當時開漳聖王部將，是沈氏家族歷代所奉祀的家族神。

春秋祭典之時，各房子孫會自備供品前來祝壽，供品以牲禮、水果、粽子、粿、壽桃等，並備有大量金紙，展現崇敬的心意。

沈姓是新營地方大姓家族，從鄭氏家族至清朝時期，開始不斷移入拓墾，雖然先祖都姓沈，但因來台前的原居地不同，而有許多派，今日以沈參六順派最有所成，清朝乾隆年間沈參，來台開墾新營為開基祖，家族各房於清代年間曾出過好幾名科舉官員，也有經商獲利及地方政要，後人對地方文風、宗教信仰、醫學、政治等，都有諸多社會貢獻。

沈祖祠於清末日治初期結合新營沈氏族人之力而修建，晚近修建約在1980年代，現為沈氏族人的祭祀中心。