瓦磘溝的水患及汙染，是讓它成為「問題」的主要因素，水患問題解決之後，汙染整治則是當前居民及政府最關注的問題，在永和社大出版的《我家後巷有小河》書中，指出瓦磘溝污水治理的方式及建議。

1. 汙水截流：主要是配合雨水下水道系統，將沿岸汙水經由截流工程後，排放至汙水主幹管內，生活污水集中至莊仁橋附近的污水截流幹管，穿越新店溪，送到八里汙水處理廠。目前進行中的中永和汙水下水道接管工程，即是讓家庭廢水不會排入瓦磘溝，中和已達百分之百，永和預計2023年完成。
2. 現地處理：主要針對市場產生之高油脂污水，若能經市場污水處理槽與油脂截流器等工程，不僅讓水質較穩定，且可將處理過的水，重新注入溝內維持基流量，這對瓦磘溝的水質及水量助益最大。2019年水利局規畫南山段礫間處理設施，卻引發爭議，民間團體質疑，汙水下水道接管工程即將完工，屆時瓦磘溝將無廢水排入，礫間處理無用武之地，竟要花費9千萬。
3. 引水稀釋：污水接管後，瓦磘溝水量大幅減少，引入新水源，可適度增加水深及流速，也可透過水域環境營造，提升瓦磘溝的生態功能與自淨能力。2019年水利局已公開招標自碧潭堰引水至瓦磘溝之工程，期待能改善水源及汙染問題。
4. 分散式污水處理系統
5. 定期疏濬：改善淤泥發臭及人為垃圾汙染之問題
6. 教育推廣：在地居民亂丟垃圾的情形仍很常見，需要喚起居民的公德心及關心，才能真正解決汙染問題。