藥師法會為龍山寺最受信眾喜愛的法會之一。圖為1998年10月21日的藥師法會一景，觀音正殿殿內兩側陳設的蓮花斗斗燈。

寺圓通寶殿上，內置眾斗首的斗燈上，藥師佛精美的斗燈，上置三個大、中、小斗，分別象徵天、地、人。藥師法會以戶為單位，常見可分為大斗、蓮花斗、斗首、正斗主，其上可列名的人數各有不同限制。

藥師法會於農曆9月舉行，由初一進行至初九，9天當中每日禮誦萬佛洪名保懺。初一晚間7點發表、開燈，初八晚間7點燃藥師燈、誦「藥師琉璃光如來本願功德經」。到初九最後一天，上午齋天、下午燄口施食，完成整個藥師法會。

龍山寺藥師法會通常在前半個月開始接受信眾報名，由於場地大小固定，因此有名額限制，額滿即不受理。