宋朝大儒朱熹擔任福建同安主簿時曾到金門燕南山講學，後人興建「燕南書院」，但書院可能在元朝圮毀。民國81年11月戰地政務終止，古區村民建議復建書院。縣府籌組重建委員會，土地由古區村陳氏宗親會提供，由原行政院文建會補助經費，2008年12月動工重建書院，2011年9月完工，同年12月完成驗收，恢復明代金門名寺與書院的風采。

重建後的燕南山書院占地2000多平方公尺，中間是太文巖寺，後進為朱子祠，四周為書院。

縣長李沃士（右3）、議長王再生（右4）、福建省政府秘書長侯全寶、金防部指揮官王世塗中將等人2012年12月25日為書院及太文嚴寺啟用剪綵、揭牌。