林恩魁1922年生，是高雄茄萣人。因父親在印尼經商，小時候在外婆身邊長大，6歲時才由母親接往印尼與父母一起生活，並在印尼的日本領事館小學校就學。過了幾年，父親見林恩魁只會玩耍，又派人將林恩魁送回台灣讀書。林恩魁住在台南親戚家，寄人籬下，奮發讀書在1935年考上台南二中（今台南一中）而得以搬入宿舍。台南二中是日治時期專供台灣人讀的學校，學生很有台灣意識，學長也會要求大家說台灣話，這股學風可說是影響了林恩魁一生。

中學畢業後，林恩魁得到母親友人的幫助赴日讀書，並在1943年考取東京帝國大學醫學部。1945年，林恩魁到滿州國新京衛生研究所任職，日本戰敗後輾轉回到台灣，編入台灣大學就讀。當時學長劉沼光組織讀書會研讀左派書籍，林恩魁也加入了這個讀書會，卻不知這導致了日後的牢獄之災。1950年，林恩魁在高雄旗山醫院任職時被逮捕，當時林恩魁已與高雪貞女士結婚，長女才剛出生不久。

遭到逮捕後，林恩魁被帶往警察局並要他指認黑名單上的其他人名，後又送往鳳山保密局。1951年，他因「參加叛亂之組織」判處7年有期徒刑。判決書認定林恩魁加入劉沼光所組織的讀書會，由其介紹加入共產黨並從事相關學生運動，且經常研讀匪黨書籍。

判決後，林恩魁先被關押在新店軍人監獄，後來移監至綠島新生訓導處。在綠島期間，他與其他同樣具醫學背景的醫師難友一起負責醫務室，為官兵與政治犯看病，甚至透過申請設置了基本的開刀房設備。出身醫生世家的妻子高雪貞，多次帶著長女林美里去綠島看望林恩魁。因林恩魁在醫務室的付出受眾人肯定，林美里很受政治犯的喜愛。據難友陳孟和回憶，看見林美里能無拘無束地到處跑，有如接觸到一絲文明社會，而成年後的林美里也一直珍藏著幼年時政治受難者贈送的手作相框。

1957年出獄後，林恩魁先是在妻子舅舅的醫院任職，後來在1961年自己開業。自稱是「活在陰影下的人」的林恩魁，長年受到監控，也有如警察的私人醫生，必須隨傳隨到。1985年林恩魁開始用漢字翻寫台語聖經，費時6年完成並捐給教會，後來這部《台語漢字聖經》於1996年出版。林恩魁雖未受過正規的音樂教育，但他擅作詞作曲，曾創作〈台灣四章〉、〈思念故鄉〉等作品。