已經有四十年的歷史，分成三個階段：（資料來源：

http://library.mgst.org.tw/50years/3/326.htm）

(一)初創遷徙時期：1968年臺北市民生東路新社區日漸形成，居民倍增，年議會議決向該社區居民傳播主的福音，於10月27日派魏元珪牧師假民生東路929巷4弄1-1號阮堅煜夫婦家開始家庭禮拜，以恩友堂遷居該社區之教友吳慎之夫婦、俞炳權老弟兄，及由緬滇來臺之衛理公會教友張兆梁夫婦等為家庭禮拜的基幹，為本堂之始。1969年8月10日聚會地點借用民生東路944號衛理堂教友陳泰生夫婦家成立佈道所，年議會先後有杜吳金娥女士，王頌主先生及許可領牧師等前來帶領，聚會時又增加丁勉齋夫婦，顧振聲夫婦及張鄒耀華姊妹，共為8個家庭，停留在陳弟兄家客廳聚會約三年半之久。這段時期對外稱為「民生東路會所」。1972年5月7日年議會派張保羅牧師來本堂牧養，且舉家遷來民生東路以推進聖工，同年聖誕節（12月24日）正式成立為會所，發展為十二個家庭，計有教友31位，慕道友5位，預備教友18位，並舉行首次洗禮。民國六十二年（1973）元月18日舉行第一次教友大會，通過成立教會，並請年議會撥款建堂。同年3月25日租賃民生東路906巷4弄21之1號為臨時教堂，舉行首次崇拜。4月1日崇拜後經全體教友票決，以「頌恩堂」為本教會正式名稱。復活節（4月22日）正式成立教會，由張保羅牧師擔任首任牧師。並積極籌備建堂事宜。次年因租約到期，聚會地點遷至民生東路918號聚會，長達四年，並於1978年7月30日再次搬到民生東路906巷4弄47之1號（2號）聚會，並正式更名為『沛恩堂』，租賃場地聚會又長達四年。1982年在總會的贊助下，決定購買民生東路906巷8弄30號，四層樓房公寓樓下三十六坪民宅，改裝為本堂永久會所。

(二)佈道成長時期:自從1982年購得固定會址後，教會對內不僅凝聚了向心力，使會友甘心樂意地奉獻金錢及時間、才能；對外也開展了福音佈道的工作，積極地與社區人士接觸，期待將福音傳給這裡的居民。只可惜受限於場地的狹小，空間的有限，以至於許多福音預工無法開展，再加上短短8年之間（1982-1990）牧者調派過度頻繁，竟有五位之多，對教會造成了不小負面的影響，而向外移民人口的增加，總是快過進入教會的速度，因此聚會人數總停留在三、四十人左右。

(三)穩定發展時期：從1990年開始，在許長榮牧師的領導下開始積極的造就本堂的會友，堅固弟兄姊妹的信仰，並開始對外宣教的工作，足跡遍及美國、大陸及東南亞，成果卓著，亦開啟了會友對普世教會的眼光。因此，1995年葉恆序牧師調任至此後，開始積極地參與社區的關懷，不單主辦了多場的社區活動，更主動的進入中小學做義務的輔導工作，以期能與社區人士接觸。至於硬體方面，自1996年開始便陸續地有一些大規模的整修，其中包括外牆及庭院地面的修繕（1996年）、音響設備的擴充（1996年）、會堂內部及聖壇的全面重新裝潢（1999年）、大門的更新（1999年）、牧師辦公室漏水修繕及隔間工程（2001年），種種工程之目的，皆期望能在有限的空間內，增加視覺的寬敞及使用的機率。而近年來「門徒」的課程及崇拜禮儀的恢復，也成為教會對內訓練的重點之一。這段時期的聚會人數曾達五、六十人之多。

歷任牧者名單如下：
魏元珪牧師1968~1969 
許可領牧師1969~1971 
張保羅牧師1972~1984 
李良田傳道1984~1985 
劉子哲牧師1985~1987 
韓敬姬牧師1987~1988 
劉葆意牧師1988~1990 
許長榮牧師1990~1995 
葉恆序牧師1995~2002 
徐雪坪傳道2002~迄今