海端車站建於日治時期大正13年（1924）8月27日，前身為「新武呂驛」，是以該站東側之新武呂溪而得名。最早並未派駐站人員，後來由於貨物量及人口增加，也因業務需要，派駐站長1人，轉轍及售票人員若干人、副站長由池上站派兼輔佐站長工作。民國34年（1945）戰後，將新武呂驛更名為海端車站，人員之編制，亦按工作量、硬體設備等因素加以分配，置站長1人、副站長1人、轉轍及售票、貨物、行包6人共計8人。戰後初期，海端車站並無站房之設置，僅在宿舍旁臨時搭建約2坪大的雨棚，作為售票、貨票填寫及行包之託運等業務。民國37年（1948）才以木質建材搭建約5坪之運轉室，及8坪左右之候車室，並將號誌機及股道加以改善。民國57年 （1968）將舊站房改建為鋼筋混凝土造站房。