1895年清光緒21年，中國黃海清日戰爭，清國戰敗簽定馬關條約割讓台灣，台民不服成立台灣民主國抗拒，日軍由現貢寮三貂灣登陸，由雙溪鄉三貂嶺進兵，循淡蘭官道順基隆河在瑞芳、暖暖、八堵反包圍攻獅球嶺防線佔領基隆港。朝西由汐止、松山進佔台北城，成立日本台灣總督府。

日治至光復初期，基隆河中上游頻頻開發，由採樟、種大青、種茶，民國9年（1920）後更是採黑煤土層礦業的天地，瑞芳事業家顏雲年，還闢了一線專供運煤的平溪線火車鐵道，至基隆河源頭平溪菁桐坑，常有煤塊漂落到基隆河下游，供沿岸居民撿拾使用，被稱謂「黑金之河」。中小游沿岸更是燒磚瓦業窯廠，松山還設有航空飛機場及火力發電廠。