民國8年5月5日時設置「瑞芳驛」,民國54年時因深澳火力發電廠運轉,深澳線全線通車至瑞芳站,瑞芳站後站也同時啟用,民國74年5月21日時,瑞芳車站至猴硐車站之間開通雙軌化通車,成為平溪線的一環,後深澳線也因為深澳火力發電廠停工而被廢止。
瑞芳車站為日治時期所建,原為木造之車站,大約位於現今瑞芳車站之後站位置,在日治末期之後瑞芳車站之前站被改為RC的水泥磚造車站,然當時正處於二次世界大戰時期,因此僅完成前站之基座部分,其餘建築體並無完成。國民政府來台後完成木造之屋頂,於民國39年9月開始通車,並於民國43年5月才正式完工成為現今之外觀,當時不管是到九份、金瓜石採金,亦或是到猴硐、菁桐採煤均會經過本站。
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