嶺腳車站設立於民國8年10月1日，當時名為「嶺腳寮」，民國51年12月15日時，與保安、十分、林榮、菁桐、南平、月眉等車站同時改名，才正式被稱為「嶺腳車站」，民國80年7月16日時由簡易站被降為招呼站，並指定管理站為十分站，至民國90年9月30日時管理站轉移為瑞芳站所管理。

嶺腳車站為當時臺陽礦業株式會社為了採煤礦，所興建三貂嶺至菁桐之車站之一，於民國10年正式啟用，最初僅是臺陽礦業之運煤專用路線，直到民國18年才正式由總督府鐵道部收購為鐵道路線，並增辦客運服務，設立初期為三等站，後依載運需求量降為簡易站最終為招呼站，月台呈現海灣型，是當地之熱門景點，曾經有偶像劇「螺絲小姐要出嫁」便以此車站為取景拍攝之地，車站旁尚有保留永昌煤礦之卸煤櫃遺跡。