臺東平原舊稱「卑南覓」或「卑南」，現今寶桑路一帶於清朝時稱「寶桑」。臺東平原早先居住只有卑南、阿美等原住民，及陸續遷移來的平埔族。光緒14年（1888） 8月2日臺東直隸州所屬的里壠莊（即新開園府的漢人）移民及原住民（主要為大武壠族），因為卑南撫墾局委員雷福海等官員的壓榨及欺凌婦女，乃率眾700餘人到大庄局殺害委員雷福海、司事翁源、局書何茂、王升並局差、局勇等，而爆發所謂的「大庄事件」。起事民眾燒毀埤南廳署，圍攻提督張兆連的鎮海後軍。民眾數量多於官兵數倍，鎮海後軍被圍半月，當時官兵祈求媽祖、觀音保佑，半月後起事群眾漸漸退去，光緒15年（1889），提督張兆連等人為感恩媽祖、觀音顯靈相助，率先捐出養廉銀倡議建廟。次年春動工，明治24年（1891）完成，以埤南天后宮碑碣（現嵌於兩廊壁之間）。光緒皇帝並賜「靈昭誠佑」匾額一幅，是臺東清朝時唯一的官廟。