臺東神社建於日治時期的明治44年（1911），原址在臺東廳臺東街，現今為臺東市中正里喜悅大樓（中正路251巷，早年臺東衛生局坐落在此，稱衛生巷）旁空地，當後的時方位座北朝南，參道面對今東和外科。

大正13年（1924）列格為縣社，是日治時代繼開山神社（明治30年（1897）鎮座）之後的縣社，官方興建官幣大社級臺灣神社。明治34年（1928）遷建於鯉魚山，昭和5年（1930）行遷座式，祭神為開拓三神（大國魂命、大己貴命、少彥名命）、北白川宮能久親王。

戰後改為鯉魚山忠烈祠。戰後，日本神道信仰隨著日本人地撤離而終止，神社參拜也同時消失。內政部於民國63年（1974）頒布「日本神社遺跡，應即徹底清除」。臺東縣境內各鄉鎮的神社，除了原先列格為縣社、位於鯉魚山地臺東神社被拆除改建為忠烈祠外，其他神社本體一律被清除。少數神社還剩下殘存的基底等物件，有一些甚至殘跡難尋不具備文化資產的意義。