友善耕作的小農，因為不能使用農藥，因此希望從源頭做起，讓植株生長過程中，降低生長期的病蟲害。因此有些小農自選稻種後，在育苗前，會先進行稻種殺菌，目的將附著稻穀上的菌與蟲卵剔除，增加育苗成功與植株強建的比率。農夫可採用自製微生物菌水，以一比二十的比例稀釋，再將稻種浸泡其中二十四小時，隔天將菌水倒出，換成清水繼續浸泡催芽。另外也可以利用”溫湯殺菌法”來進行殺菌，以水溫五十到五十五度的溫水，這是一般病菌的致死溫度，將稻穀浸入，約十到十五分鐘，並不斷攪拌，使水溫均勻。也有小農會於大鼎下方用小火維持水溫穩定。溫湯後的稻穀，在放入清水中持續催芽。