東海國中原校址在現今中華路與豐盛路交界之東海運動公園區塊，位於太平溪出海口附近。前身為民國56年（1967）8月奉准成立為「臺東縣立第二初級中學」，由當時池上初中校長張振文兼任籌備主任，招收新生四班，暫借仁愛國小上課；同時開始興建校舍。民國57年（1968）8月因應九年國民義務教育，於是定名為「臺東縣立東海國民中學」，並由杜漢豐為首任校長，招收新生十四班並增建教室大樓、特別教室大樓等硬體設施。民國63年（1974）臺東施行都市計畫，部份校地被編為水利用地，致校地縮減，故經臺東縣議會議決遷校，於民國88年（1999）4月吳宗明校長任內在現址（中華路一段719巷51號）舉行新校舍動土典禮。民國91年（2002）2月第七任校長陳劍賢接任，係東海國中首次由教師會遴選產生之校長，其接任後即加強新校舍執行進度，積極擬定遷校計畫，並爭取廚房及體育館工程之經費。民國91年（2002）8月第八任校長洪榮威到任，積極辦理遷校工程，並順利解決學校校舍工程糾紛，民國92年（2003年）年6月28日，由徐慶元縣長啟鑰，東海國中新校區正式啟用。現任校長賴亮禎，於民國105年（2016年）8月到任，為東海國中創校以來第10任校長。