《續修澎湖縣志•卷十二-宗教志》共分八章。

第一章澎湖的寺廟，共分三節：第一節，澎湖寺廟的重要性；第二節，寺廟統計資料的分析；第三節，澎湖的王爺信仰。

第二章法師與乩童，共分三節：第一節，澎湖法師的特色；第二節，法師與乩童的關係；第三節，法師與乩童的科儀。

第三章善堂，共分三節：第一節，善堂在澎湖的發展；第二節，善堂的組織；第三節，善堂的功能。

第四章查某佛，共分三節：第一節，查某佛簡介；第二節，查某佛的宗教角色；第三節，查某佛的分布。

第五章石敢當與其他厭勝物，共分三節：第一節，石敢當；第二節石塔；第三節，其他厭勝物。

第六章歲時祭儀，共分四節：第一節，春季的祭儀；第二節，夏季的祭儀；第三節，秋季的祭儀；第四節，冬季的祭儀。

第七章生命儀禮，共分三節：第一節，生育；第二節，結婚；第三節喪禮。

第八章制度化宗教，共分五節：第一節，道教；第二節佛教與齋教；第三節基督教；第四節，天主教；第五節，一貫道。