根據目前研究資料顯示，澎湖地層以花嶼的六千五百萬年最古老。其次為通樑一號井地下深處的通樑層和白沙層，再其次為漁翁島層，約在一千六百萬至八百萬年前。依次是小門嶼層、湖西層至最年輕的海濱堆積層。「小門嶼層」是由殼灰岩、褐鐵礦頁岩、褐鐵礦膠結的鐵質石英砂岩所組成，除發育於小門嶼外，七美燈塔附近、西嶼竹灣北側、通樑龜山頭北側和鳥嶼電廠後側都有露出。湖西層分布於湖西灌溉井的湖西低地一帶，由多層沙質泥層及多量貝殼化石組成，表層附近的淺褐色泥層是澎湖燒紅磚的主要原料。花嶼是澎湖地區最古老的地層，屬於安山岩質的火山熔岩、碎層岩及石英脈等組成。