北投石之生成，是源自北投石和黃鉀鐵礬共生的關係。北投石主要生長在安山岩礫表面，但很少直接附著在多少已受風化的安山岩表面，絕大多數在北投石基部都有一層土黃至褐黃色的黃鉀鐵礬，介於安山岩礫或固結之泥沙與北投石晶簇間，黃鉀鐵礬厚度薄者不及1公分，厚者有10餘公分。黃鉀鐵礬的生成與北投的結晶有一定先後的共生次序。

北投石生長於北投熱海飯店附近的北投溪河床，北投溪源自地熱谷溪泉，地熱谷的高溫(高達攝氏90～100度)溫泉水，含有硫酸鉛、鋇、鐳等礦物元素，高溫硫酸腐蝕下堅硬的安山岩表層經過白化，產生黏土礦物質吸附溪水中之礦物質 。

溫泉順著北投溪流下，溫度逐漸降低，大約離地熱谷100公尺處，水溫降至攝氏80度左右，白化後的安山岩較白色泥質膠結之粗砂岩或礫岩岩性堅硬，不易因滾動撞碎而更容易為沉澱物附著，乃成為北投石的最佳寄主岩石。這些重金屬成份就會結晶沉澱，在礫石表面及間隙中有黃至白色沉澱物附著，膠結成一層層的皮殻，沉澱皮殻之最外層附著半透明至乳白色之密集菱形小晶體，其聚合狀結晶體即是「北投石」。其年生長速率為0.08m，亦即需130年左右才能形成一公分厚度的「北投石」。