始建民國95年(2006),10世蕭金碧倡建。正堂奉祀開澎祖金門東蕭蕭氏8世祖蕭爾丑祖牌。蕭氏宗祠籌建委員會撰〈澎湖港底蕭氏宗祠落成記〉碑文，由11世蕭福壽捐地，建廟基金93萬。而根據《湖西鄉志》中載，據蕭永奇「澎湖蕭氏族譜稿」中「金門蕭氏淵源記」一文所載：蕭宗壽（彥友）祖父蕭一郎原居岑兜鄉，明洪武元年（1368），移入泉州南安十四都古榮（今金淘鎮），再遷移至金門東半島。其孫彥城仍居古榮，彥定居浯州沙美，彥友分居東蕭。彥友生三子，長蕭仁，次蕭義，三蕭明。仁，後裔居東蕭，又分居閩南；義，後裔於「癸卯島變」之前（康熙二年，清軍殺戮浯島軍民），大都徙澎。按浯州族裔，以一郎公遷籍「古榮」為堂號，澎湖族裔以一郎孫蕭彥友為「浯州」開基始祖，即古榮三世，為浯州一世。則可知蕭氏淵源於此。

資料來源：《湖西鄉誌》，頁315。